李靖告知李世民虬髯客的隐退和瓦岗的巨变，世民感慨不已，问李靖下一步的打算，李靖言要去寻找红拂。世民被李靖的痴心所感动，但劝他暂时先放下私情，帮助自己平定江山，为百姓，也是为红拂建立一个太平天下。李靖感念世民知遇之恩，同他畅谈战策局势，两人惺惺相惜。
平阳无法摆脱李密带给她的耻辱阴影，痛苦不堪。程咬金本想逗她开心，却弄巧成拙，招来一顿训斥。看着平阳的背影，咬金莫名其妙，不知发生了何事。
自从杨素兵败，司空府声势一落千丈，家仆纷纷携财离去。而杨素再也不复当年的神勇，眼见身边只剩绿羽服侍，感慨万千。守春、怀香等暗人见杨素大势已去，将牛毛针打入阴世师体内，胁迫他交出解药。不愿见这些自己制造出的暗人背叛离开，阴世师使毒与他们同归于尽。败落的司空府内，满目凄凉，战奴和尺素紧紧依偎在一起，对眼前一切毫无感觉，也没有半点离开的意思。
李靖和世民相谈甚欢，引为知己。程咬金暗暗提醒李靖去寻找虬髯客留下的宝藏。两人找到宝藏，咬金本想私留，李靖却要献给李世民，助其平定天下，拯救万民。咬金虽不甘心，但最后还是赞同李靖，返回嵩山少林，正式追随秦王。世民大喜，竟然提出将平阳许配给李靖。众人皆惊，各有心事。
程咬金不愿平阳他嫁，却无法坦白自己的感情。而平阳深知李靖的心中只有红拂，不欲勉强，主动向李靖解释。李靖明白平阳的心事，劝慰她不要对以往的事介怀，一切都是李密的错。程咬金正好路过，听到，怒不可遏，抓起板斧就要找李密报仇，被李靖和世民拦住。这时，建成派兵围攻少林，要秦王立刻返回唐营，否则就以谋反论处，格杀勿论。世民明白返回去就是死路一条，带领众人奋起抵抗。
为了借刀杀人，建成送信给杨素，让他派兵围杀世民。看出建成伎俩，杨素断然拒绝。此刻在他的心中只有儿子玄感，其它的一切都不重要。杨素将自己珍藏的可买下半壁江山的宝库钥匙交给玄感，可是，痴呆的玄感却浑然不觉，视之为玩物。杨素心中悲凉，将玄感托付给尺素，让她无论如何都要保护好玄感，尺素答应。
平阳准备下山对敌，程咬金忽然将她拉住，表白了自己的感情，并言这次阵仗结束后，就会向世民提亲，娶平阳为妻。平阳既震撼又感动，两人生死同心，一起征战沙场。
敌众我寡，山下形势告急，秦琼和咬金等人拼死抗敌，也只能维持半日时间。众人将所有希望都寄托在李靖身上，希望这位饱读兵书的‘鬼将军’能想出应对之策。然而，李靖死翻兵书，想不出半点方法。世民失望，烧毁兵书，反而点醒了李靖，想出了一个破敌妙策。
李靖利用天时地利，让程咬金和尉迟恭分别装作逃兵故意让建成和李密两拨人马俘虏，引李密和建成入密林，让他们相互攻击。程咬金领命而去，平阳深情地告诉他会等他回来.果然，咬金被李密抓住，骗说秦王已经战死，自己所以要逃。李密将信将疑，要杀咬金，咬金却拿出一些金银珠宝，说出虬髯客所藏的宝藏一事。李密见财起意，让咬金带路，去挖宝藏。
李靖运筹帷幄，站在山头祈祷红拂能保佑自己。似乎有种心灵感应，远在千里之外的红拂心中隐隐不安，看到腰间的马尾毛做的饰物，不知从何而来。
程咬金将李密，尉迟恭将李建成的军队引到满山大雾的山林，由于看不清双方的具体情况，两队人马都以为对方是李世民的部下而厮杀了起来。程咬金和尉迟恭却趁乱，打马而去。想到要为平阳报仇，程咬金让尉迟恭去给世民报信，自己则返回战场。建成的军队以为世民有援兵，只得收兵离开，而李密的军队则是群龙无首，四散逃逸。眼见计策成功，李靖和世民欣喜万分，清点人马，发现程咬金独自一人去追李密。
程咬金拦住逃跑的李密，两人打斗在一起。虽然程咬金气势逼人，但是他只有三板斧的功力，一味蛮干，最终还是被李密制住。李密羞辱咬金，并说道平阳之事，咬金悲愤不已。李密刚要将下杀手，虬髯客赶到，救下咬金。新仇旧恨，虬髯客招招夺命，终于将这个恶贯满盈的卑鄙小人击毙。虬髯客让咬金不要再浮夸行事，脚踏实地，做出一个真正顶天立地的男人。说完，飘然而去。
世民军大胜而回，平阳到处寻找咬金的身影，见到他安然无恙，喜极而泣。而程咬金却告诉平阳李密非自己所杀，不配和公主一起，黯然离开。
红拂拿起那个马尾毛作的饰物问是否独孤城相赠，独孤城否认。他带着红拂去河边游玩，却让红拂耳边却想起李靖曾经对她说的话。独孤城向红拂求婚，红拂认为他就是自己心中的爱人，欣然应允。
虬髯客来到司空府，要杀杨素为李世民和李靖清除心腹大患。杨素不是对手，被其打伤吐血。尺素绿羽和战奴玄感舍命上前相救，背杨素逃跑。不愿连累儿子，杨素让战奴将自己丢下，独自抵挡虬髯客。然而，血脉相连，战奴去而复返，和虬髯客相斗。虬髯客不愿再和战奴纠缠，痛下杀手，然而，尺素却飞身扑在了战奴的身上，为其当住了致命一击。看着一死一伤一个没有思想的怪物，虬髯客感慨不已，隐去。一代枭雄呼唤着儿子的名字，含恨而逝。
独孤城七日之命走到尽头，他最后教红拂一套剑法，在红拂怀中，吐血而亡。他留了封信，让红拂去找李靖，去找她的幸福。