芬奇独自一人前往根的家乡得州,似乎是打算前往她的出生地悼念她,“机器”一直陪伴着他。
里瑟和肖正打算去寻找芬奇,却接到新的“号码”——美国总统!总统即将出席一个高级别的筹资晚会,里瑟和肖混进了晚会现场对总统实施保护。
里瑟及时发现了定时爆炸装置解除了危机,可是晚上现场的电视剧机屏幕上却出现了警告语,在抓住了一名假扮的服务生后,肖对其一番审问候假装放走他并顺藤摸瓜的找到了恐怖分子的老巢,原来是参议员的妻子为了反对政府对公民的监控行为,而决定为自由而战。
肖在“机器”的帮助下成功脱困,弗斯科发现恐怖分子计划用无人机袭击总统的座驾,最后肖成功延缓了总统上车的时间避免了这次危机。但肖、里瑟、弗斯科都被特勤组逮捕,这时候三位以前的“号码”分别出现救出了他们三人。
芬奇前往根家乡的途中来到了一所军事基地,盗取了里面封存的电脑病毒——冰封9,这时芬奇他们唯一能击溃“撒马利亚人”的机会…
“机器”知道芬奇一直在犹豫是否要释放冰封9病毒,因为芬奇深知冰封9可以消灭“撒马利亚人”但同时“机器”也将一同消亡。
“机器”给芬奇放映着里瑟、肖、弗斯科这些芬奇身边伙伴以前的模拟,给他看一个没有“机器”的世界借此帮他做决定,但最终还是得芬奇自己拿主意。
在“机器”的帮助下,芬奇进入了国家安全局,他将在里面的机房释放冰封9。由于国安局里设置了静电屏蔽场,“机器”只能暂时切断与芬奇的联系,它给里瑟和肖发送信息让他们前来帮助芬奇。
就在芬奇即将输入最后的语音密码释放冰封9时,“撒马利亚人”的特工找到了他并控制了他,头目格里亚将自己和芬奇困在密封的房间,在得知只有他一人知道语音密码后,格里亚下令抽空房间的空气打算与芬奇同归于尽。
紧急关头里瑟和肖接通了连接外界的路由器,“机器”重新激活救出了芬奇。最终,芬奇说了出语音密码释放了病毒。