武王有意要娶民女为妻的事，传到了姬发祖母耳中，老祖母非常的不悦，到处替孙子张罗门当户对之人选，惹出很多的误会。
周军向界牌关进发，在太上老君等四仙的相助下，周武王与姜子牙率领周军破了诛仙阵，通天教主逃离，门人各散。
姜子牙大兵攻破界牌关，徐盖归周。
瘟仙吕岳摆下大阵，姜子牙陷于瘟仙阵中，云中子指挥迎敌。吕岳败退回阵中。赤精子派弟子杨任下山大破瘟仙阵，姜子牙获救，守关主帅徐芳自杀。
火神罗宣，施展神通，纵火焚烧西岐城。从月宫中飞来广寒仙子，以乾坤雾露网，灭了西岐之火。这位广寒仙子，其前身正是妲己，这勾起了武王姬发内心深处对妲己尘封已久的爱恋，失去理智的武王开始追求仙子，致使子鱼悄悄离开周军出走……
潼关主帅之四子余先，想尽办法，强迫子鱼做了其小妾，致使周武王终身至憾!直至潼关城破之日，子怡手刃了余先，才开口讲话并随即自杀……
周武王下旨立即攻打渑池县，兵临城下。
渑池县城下，姜子牙命崇黑虎、文聘、崔英、蒋雄，黄飞虎同去破敌，“五岳”皆亡。土行孙也被张奎杀害，姬发和姜子牙悲痛不已。城破之日，张奎无路可逃，被众军乱拳打死。
纣王下旨，出榜招贤。狐狸精招来白猿精(袁洪)、蜈蚣精(吴龙)、长蛇精(常昊)、水牛精(金大升)、山羊精(杨显)、黑猪精(朱子真)、野狗精(戴礼)，让他们化作人形前去揭榜，纣王大喜。封袁洪为大将，余为副将，殷破败为参军，申公豹为监军。
孟津城，姬发为君，姜子牙为统领大元帅，向朝歌进发。纣王荒淫无度，将皇叔箕子削发，囚禁为奴。众臣纷纷逃离朝歌。纣王闻知大怒，下旨严守四门!
申公豹请来通天教主，摆下万仙阵，周武王的伐纣大军受阻。众仙前来助周破阵。众仙进阵，均败下阵来。元始天尊亲自出马，将申公豹拿下，装入囚笼，沉入大海。万仙阵破后，碧游宫的众仙做鸟兽散!
周武王姬发率军围住朝歌，狐狸精决定拼死一搏，纣王与姬发见面议和。纣王执意两分天下，姬发拒绝。两人相约，两军不借助任何神力进行一场决战，于是在朝歌城外的牧野之地，一场永驻史册的牧野之战拉开战幕……
纣王兵败回宫，宫中，狐狸精与纣王互吐衷肠，狐狸精要带纣王逃走，来日再图大业，纣王发誓与商殷共存亡。狐狸精离开人类肉身。纣王痛哭欲绝，在摘星楼下自焚身亡。
迷途知返，叛离了纣王的九头雉鸡精凤来，为了躲避狐妲己的追杀，一直托庇于周营之中的武王帐外，她想与武王的情缘能够重续，梦想破灭后，被死后依然舍不得离开武王的子鱼之精诚所感动，最后帮着武王，护着子鱼的真元，千辛万苦找到了女娲娘娘，恳求女娲为子鱼再造人身。女娲被三人的诚心所感，捏玉泥为人，子鱼复生，人间遂有了冰清玉洁之说。用情至深的凤来，已然明白自己与武王姬发之间，永远也不可能成就姻缘，求女娲娘娘收留，愿成仙道。女娲娘娘慈悲，收留她在山门前，遥闻法音，历经八劫之后，去掉八个脑袋，最终也会成就其仙道。
姬发临朝，百官庆贺，西周王朝正式建立。
封神台前，姜子牙执榜册封众神，众煞神归位，从此弥平了天上人间的各种冤戾，人与神各司其道，周武王仁君明主封了姜子牙永世勋爵，天下太平，一派和谐。
继2007年重拍的新版《封神榜》後，两岸三地的影星—林心如、吕良伟、刘德凯、丁汀和黄维德等再续大型古典神话剧封神榜，打造出《凤鸣岐山》後的下部《封神榜II之武王伐纣》。全剧在在陕西拍摄取景，继范冰冰在上部演出「双面妲己」後，下部则由一改善良角色戏路的林心如美丽妖艳的苏妲己，周武王由周杰改为黄维德出演，一代暴君纣王为吕良伟，丁汀为文殊菩萨的徒弟金叱。至于范冰冰，则友情客串广寒仙子嫦娥一角。